ซาเนตติลงเล่นให้ทีมชาติอาร์เจนตินาเมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน ค.ศ. 1994 แมตช์เจอชิลี โดบการนำของโค้ชดาเนียล พาสซาเรลลา เขายังได้รับใช้ทีมชาติด้วยลงเล่นในฟุตบอลโลกปี1998 และ2002 อีกทั้งยังเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่ได้เหรียญเงินจากโอลิมปิกฤดูร้อน 1996 ที่แอตแลนตา, สหรัฐอเมริกา

ในฟุตบอลโลก 1998 เขาได้ยิงประตูอย่างเฉียบขาดหลังได้ลูกจากฟรีคิกของควน เซบานเตียน เบรอน ในแมตช์เจออังกฤษ รอบ16ทีมสุดท้ายทำให้สกอร์กลับมาเป็น 2–2 ก่อนที่อาร์เจนตินาจะมาชนะจุดโทษ4–3 ผ่านเข้ารอบจนถึงรอบสี่ทีมสุดท้าย พวกเขาต้องมาแพ้ให้เนเธอแลนด์

ซาเนตติลงเล่นให้อาร์เจนตินาภายใต้การคุ้มทีมของมาร์เซโล เบียลซาในฟุตบอลโลก 2002 ถึงอย่างนั้นพวกเขาจบที่สามของกลุ่ม แม้จะชนะในนัดแรก ทำให้อดเข้ารอบต่อไป

ซาเนตติฉลองลงเล่นครบ100นัดด้วยการพาอาร์เจนตินาชนะเม็กซิโกในรอบรองชิงชนะเลิศของฟีฟ่าคอนเฟเดอเรชันส์คัพ เมื่อวัน 26 มิถุนาคม ค.ศ. 2005 และเขายังได้แมนออฟเดอะแมตช์นัดนั้นด้วย[

ซาเนตติก็ได้สวมปลวกแขนกัปตันทีม และในฟุตบอลโลกรอบคัดเลือก แมตช์เจอโบลีเวีย 17 พฤศจิกายน ค.ศ. 2007 เขาได้กลายเป็นนักเตะที่ลงเล่นเยอะที่สุดตลอดกาลของอาร์เจนตินา